El Plan Cóndor dejó miles de víctimas, con historias documentadas que ilustran su brutalidad transnacional. Algunos ejemplos destacados incluyen: caso como el de Gerardo Moisés Alter, Militante del Partido Revolucionario de los Trabajadores (PRT) argentino, desaparecido en 1976 en Buenos Aires, víctima de la coordinación represiva entre Argentina y otros países; Daniel Álvaro Banfi Baranzano, militante del Movimiento de Liberación Nacional – Tupamaros (MLN-T) uruguayo secuestrado en Argentina en 1976 y trasladado a Uruguay para la tortura y desaparición; Lilian Elmira Celiberti Rosas, docente, vinculada a la Federación Anarquista Uruguaya (FAU),  detenida en Brasil en 1976 junto a su familia, torturada y desaparecida; Jorge Isaac Fuentes Alarcón, chileno, miembro del Comité Central del Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR), de Chile secuestrado en Argentina  en 1976 y transferido a Chile para su ejecución, son apenas algunos casos emblemáticos de los tantos que han sido documentados.

Estos son algunos de los casos que se toman como ejemplos, que forman parte de una base de datos con más de 805 fichas, de víctimas de nacionalidades diversas, afectadas por secuestros, torturas y desapariciones forzadas. Varios juicios han sido procesados, sobre los crímenes del Plan Cóndor, enmarcados en la justicia transnacional como: el Juicio Plan Cóndor Argentina, 2013-2016, iniciado en 1999, que culminó en mayo de 2016, con la aplicación de condenas a 15 represores, por asociación ilícita, secuestros ilegales y torturas contra 174 víctimas, de Argentina, Paraguay y Chile, incluyendo el centro clandestino “Automotores Orletti”. Fue el primer juicio por los delitos de lesa humanidad cometidos por los actores del Plan Cóndor en la región.

Casos de víctimas, como el de Orlando Letelier miembro del gobierno de la Unidad Popular del presidente Salvador Allende, quien ejerció como ministro del Interior y Defensa Nacional, y Comandante en Jefe del Ejército de Chile, asesinado en Washington D.C. por un coche bomba, colocado por agentes de la policía secreta chilena (DINA), como parte de la Operación Cóndor. Letelier, quien vivía exiliado en Estados Unidos; fue asesinado junto a la  activista política de izquierda estadounidense, Ronni Karpen Moffitt; el asesinato de Carlos Prats y su esposa Sofía Cuthbert, corresponde al ataque perpetrado en  Buenos el 30 de septiembre de 1974, con un  coche bomba, en el marco de la  Operación Cóndor.   Carlos Prats, comandante en jefe del Ejército de Chile, cargo, que asumió tras el atentado que costara la vida a su antecesor, el general René Schneider,  Comandante en Jefe del Ejército, en el momento de la  elección presidencial de 1970, asesinado por un grupo de ultraderecha, durante una tentativa de  secuestro. 

En 1970, ante el posible triunfo electoral de   Salvador Allende, debido a su ideología  marxista, era sumamente polémica la situación, para  algunos sectores militares chilenos que detestaban el socialismo o el comunismo, como lo llamaban en el momento, y  en respuesta a las presiones de la derecha, que recibían los militares, para que intervinieran en el proceso electoral, para impedir el triunfo de Allende, como presidente de Chile, Schneider en una entrevista al diario  El Mercurio, el 8 de mayo de 1970 declaró: “El ejército es garantía de una elección normal, de que asuma la presidencia de la República quien sea elegido por el pueblo, en mayoría absoluta, o por el Congreso Pleno, en caso de que ninguno de los candidatos obtenga más del 50 por ciento de los votos... Nuestra doctrina y misión es de respaldo y respeto a la Constitución Política del Estado”. Y esto fue suficiente para ser asesinado.

Luego de conseguir los “Archivos del Terror”, se iniciaron Juicios en Paraguay y Chile por delitos de Lesa Humanidad durante la Operación Cóndor, con evidencias de detenciones coordinadas, lo cual se consideró un avance importante. Estos juicios probaron la existencia de una "asociación ilícita" entre dictaduras del Cono Sur, con apoyo de Estados Unidos. y condenaron a decenas de responsables. El descubrimiento de los "Archivos del Terror" en Paraguay en 1992, fue clave fundamental para confirmar la existencia documental de la terrorífica “Unidad de Teseo” y cómo los países se repartían los gastos de estos operativos de ejecución.

El descubrimiento de los Archivos del Terror, es uno de los hallazgos más importantes para la justicia y la memoria histórica en América Latina. No fue un hallazgo accidental, sino el resultado de una búsqueda incansable de años. El protagonista fue Martín Almada, un pedagogo y activista paraguayo que fue detenido y torturado por la dictadura de Alfredo Stroessner en 1974. Durante su cautiverio, su esposa murió de un infarto, tras ser obligada a escuchar por teléfono las sesiones de tortura de Almada. Luego de su liberación y exiliarse, Almada se dedicó a investigar el paradero de los documentos que probaran los crímenes del régimen. 

​El hallazgo (22 de diciembre de 1992) Tres años después de la caída de Stroessner, Almada recibió una pista anónima que indicaba que gran cantidad de documentos estaban siendo trasladados a una estación de policía en Lambaré en las afueras de Asunción. para ser destruidos o escondidos. 
​Acompañado por el juez José Agustín Fernández y un grupo de periodistas, Almada se presentó en la Seccional Policial Nº 7 de Lambaré, donde  encontraron lo que hoy conocemos como los “Archivos del Terror”, toneladas de documentos, fichas policiales, fotos de detenidos y grabaciones de interrogatorios. 

Se recuperaron aproximadamente 700.000 folios. Su importancia radica en que no solo documentaban la represión interna en Paraguay, sino que ofrecieron la primera prueba física e irrefutable de la existencia del Plan Cóndor. Los documentos revelaron: Intercambio de prisioneros: Cartas entre jefes de inteligencia de Argentina, Chile, Uruguay y Paraguay coordinando el traslado de los personas detenidas, o mejor decir, secuestradas; Informes de seguimiento a exiliados en Europa y Estados Unidos; manuales de tortura; instrucciones detalladas sobre métodos de interrogatorio. La causa fundamental de esta nefasta operación, fue la lucha por la hegemonía total e imposición de un modelo económico capitalismo, como única vía de progreso, según la visión doctrinaria de la política intervencionista estadunidense. 

Los victimarios fueron las juntas militares, las policías secretas (como la DINA en Chile o el Batallón 601 en Argentina), los grupos paramilitares de ultraderecha (la Triple A) y las victimas, fueron la gran mayoría de la población civil: Estudiantes, sindicalistas, intelectuales, campesinos, artistas y comunidades indígenas, como en el genocidio guatemalteco, la masacre de civiles mayas, durante el  conflicto armado interno en Guatemala (1960-1996) por sucesivos gobiernos militares apoyados por los Estados Unidos, que dejó cerca de 250,000 personas muertas o desaparecidas, marcando profundamente la estructura social y política del país. El método predilecto de represión aplicado durante la nefasta operación, fue la desaparición forzada, una técnica diseñada para sembrar terror psicológico en la sociedad.

Consecuencias para los Pueblos. Las cicatrices de la  Operación Cóndor siendo un complemento de la Guerra Fría en el Cono Sur, que repercutió en el resto de países latinoamericanos, como en Venezuela, donde se registraron por ese mismo tiempo,  miles de desaparecidos, torturados , exiliados y asesinatos. Con la aplicación del Plan Cóndor, se destruyó el tejido comunitario y, el pensamiento crítico mediante el miedo; las dictaduras contrajeron deudas masivas para financiar sus aparatos represivos, hipotecando el futuro económico; la división política partidista, "Derecha vs. Izquierda" dejó de ser un debate de ideas, para convertirse en una cuestión de supervivencia así como la pérdida de confianza en las instituciones democráticas y la militarización de la seguridad pública.

Países Afectados: aunque todo el continente sintió el sismo represivo, algunos países sufrieron heridas profundas: Guatemala: Un conflicto armado de 36 años con 250.000 muertos.
​Argentina y Chile: Miles de desaparecidos y una institucionalidad rota por décadas.
​El Salvador y Nicaragua: Guerras civiles que devastaron la infraestructura y provocaron migraciones masivas. Paraguay: La dictadura más larga del Cono Sur bajo Stroessner; Venezuela miles de desaparecidos, asesinatos, persecución, tortura y exilio, durante los últimos cuarenta años de la Cuarta República, por los gobiernos del Pacto de Puntofijo. 

Recordemos y estudiemos la historia de Nuestra América, y así evitemos revivir momentos dolorosos, para las futuras generaciones y no tengamos que vivir lo que significó la Operación Cóndor. Las dictaduras del Cono Sur, aupadas por la política de Seguridad de los Estados Unidos sostenían “que la soberanía nacional no era un límite.” El mensaje era claro: "no importa dónde te escondas, el Estado puede alcanzarte". Así fue la institucionalización del terrorismo de Estado a escala internacional.