En la práctica, por lo difícil que es ponerse de acuerdo en el CNU- por el número y la diversidad de interés de los miembros que lo conforman, la OPSU, en principio una oficina de asesoramiento y jerárquicamente dependiente de el CNU, se convirtió en el órgano rector, dejando a la asambleas del CNU solo para la aprobación de sus políticas. Cuando se crea el Ministerio de Educación Superior, en el 2002, se establece una disputa entre este órgano que pretendía dirigir la política universitaria con el CNU y la OPSU, quienes lo venían haciendo, tal como lo establece la ley de universidades de 1970, ya que el CNU no es un organismo jerárquicamente dependiente. La dirección del CNU no está en el organigrama del Ministerio, nunca ha estado, incluso el Ministerio no contaba con finanzas propias, sino que dependía de las finanzas que le otorgaba la OPSU.
El gobierno de Chávez, primeramente, en el año 2005, a través del decreto 3444 intento la institucionalización del Ministerio de Educación Superior, traspasando a este ministerio las atribuciones que hasta ese momento tenía el CNU. En el artículo 4, le da la potestad al ministro de "Evaluar las credenciales académicas de los candidatos a autoridades de las Instituciones Oficiales de Educación Superior". A través del artículo 14 establece "como potestad del Viceministro la tramitación, evaluación y acreditación de los proyectos de creación de programas e instituciones de educación superior, así como el seguimiento y rendición de cuentas".
Estas facultades también las contempla el Consejo Nacional de Universidades (CNU), en la Ley de Universidades de 1970, artículo 20, que señala que el Consejo debe "fijar los requisitos generales indispensables para la creación, eliminación, modificación y funcionamiento de Facultades, Escuelas, Institutos y demás divisiones equivalentes en las Universidades, y resolver, en cada caso, las solicitudes concretas que en ese sentido, previo el cumplimiento de los requisitos establecidos, sean sometidas a su consideración". Pero como la Ley está por encima de un decreto, esto no tiene aplicación legal hasta que se reforme o se formule una nueva ley de universidades.
En la propuesta derogada de nueva ley de universidades (LEU) del 2010, se propuso eliminar al CNU y la OPSU, dándole sus atribuciones y muchas otras más al Ministerio, y propone, en su Artículo 20, la creación de El Consejo Nacional de Transformación Universitaria, adscrito al Ministerio de Educación Universitaria, que se define como:
Un cuerpo colegiado de participación, planificación, articulación y coordinación de las instituciones de educación universitaria con el órgano rector, y demás órganos y ente del estado vinculados a la materia de educación universitaria, así como las organizaciones del poder popular, para el desarrollo de los propósitos del Subsistema de Educación Universitaria a nivel nacional.
Así mismo, en el contexto e los planes de desarrollo endógeno y la Nueva Geometría el Poder, se propone, (Artículo 23) la conformación de Los Consejos Territoriales de Transformación Universitaria, "para la consecución de los propósitos del Subsistema de Educación Universitaria, en los ejes de desarrollo territorial definidos en el Plan de Desarrollo". Continuará…
