Del análisis del texto del TLC entre EEUU-Perú se encuentran serias implicancias sobre las políticas nacionales de conservación y biodiversidad. Según el capítulo sobre Propiedad Intelectual, el Perú se somete a una serie de obligaciones que afectarán las políticas dirigidas al uso sostenible de la biodiversidad.

La primera obligación del Perú, es la de ratificar el UPOV 1991, un tratado que obliga la protección de nuevas variedades de plantas a través de una patente o derechos de los fitomejoradores. En esta obligación estarán consideradas las patentes a las semillas mejoradas que requerirá el agro peruano para su desarrollo, lo que encarecerá sus costos de producción, así las semillas hayan sido originarias.

La segunda obligación está relacionada a que el Perú realizará los "mejores esfuerzos" para lograr que la protección de patentes se pueda aplicar a las plantas y, potencialmente, abrir el camino para patentar inventos biotecnológicos, así no hayan cumplido con los criterios de acceso y beneficio establecidos en la Convención sobre Diversidad Biológica (CDB).

La tercera obligación amplía el ámbito de lo que puede ser patentado en Perú hoy en día, para incluir métodos y no únicamente inventos. El Artículo 18.8 del capítulo sobre el ambiente señala un compromiso de las partes a la conservación, el uso sostenible de la biodiversidad y la conservación del conocimiento tradicional (CT).

También se incluye un "entendimiento aparte" sobre la biodiversidad y el conocimiento tradicional. Sin embargo, ni el capítulo sobre el ambiente, ni el "entendimiento" correspondiente contienen cláusula alguna de carácter obligatorio, sino cláusulas de tratar de hacer los "mejores esfuerzos" que apoyen el intercambio de información a través de programas de cooperación de la biodiversidad, para el propósito de evaluar la existencia del "estado de arte' en inventos relacionados al conocimiento tradicional

En consecuencia, los acuerdos sobre la biodiversidad en el TLC, no protegen efectivamente la apropiación indebida de la biodiversidad y el conocimiento tradicional del Perú.