Aunque los acuerdos alcanzados por el Perú y Estados Unidos en materia de propiedad intelectual durante las negociaciones del tratado de libre comercio ya son de conocimiento público, todavía generan incertidumbre y versiones encontradas entre los analistas.

Según la publicación estadounidense "Inside US Trade", por ejemplo, lo cedido en el TLC por el Perú a las grandes empresas farmacéuticas es más favorable que lo que consiguió Estados Unidos cuando negoció con los países centroamericanos el Cafta . En particular, señalan que en el tema de los datos de prueba se ha aprobado normas que dificultarán la comercialización de productos genéricos. Sin embargo, esa versión fue negada por el negociador peruano de ese tema, Luis Alonso García. En declaraciones a El Comercio, García sostuvo que en datos de prueba existen dos partes: lo que se aplica en el Perú y lo que se aplica en EE.UU. "La parte que se aplica en nuestro territorio es igual a lo acordado en el Cafta, las únicas diferencias son respecto de las normas que se aplicarán en EE.UU.", dijo. Según el negociador, lo que consiguió el Perú en materia de datos de prueba es más beneficioso que lo aprobado por el Cafta, pues se incorpora la posibilidad de que las autoridades sanitarias del Perú puedan romper esa protección en caso de emergencia nacional, tal como se puede hacer en el caso de las patentes. Además, existe un plazo de cinco años desde que un nuevo medicamento es registrado en EE.UU. para solicitar la protección de los datos de prueba en el Perú. Sin embargo, otros analistas del sector privado expresaron sus dudas acerca de la forma en que definió los fármacos nuevos que pueden ser sujeto a la protección de los datos de prueba. BIODIVERSIDAD
Otras críticas están referidas a que el Perú solo consiguió que EE.UU. apruebe una referencia a la protección de la biodiversidad y lucha contra la piratería, mas no un compromiso serio que beneficie a los peruanos. Para García, en cambio, el paso dado es muy importante, pues EE.UU. realizó una serie de consentimientos y declaró que no se deben conceder patentes indebidas, lo que incluye la apertura de coordinaciones entre las autoridades de propiedad intelectual de ambos países para luchar contra la biopiratería. "Si bien no se habla de compensaciones económicas específicas por el uso de los conocimientos tradicionales, sí se indica que los beneficios de su uso deben ser compartidos", señaló.