El Congreso de Cúcuta comenzó a sustentarse en ideologías contradictorias, los políticos conservadores parecían ser generosos. Los liberales en cambio se oponían a la participación de los habitantes catalogados de la clase pobre, preferían que no tuvieran ninguna intervención en las decisiones de gobierno, tan es así que el General colombiano Francisco de Paula Santander, recién electo Vicepresidente de la Gran Colombia, expone: "Las frecuentes reuniones del pueblo para fines electorales son inconvenientes" En ese Congreso se discute también el país y la ciudad que sería la capital provisional de la República; fue aprobado por mayoría que sería en Cundinamarca, hoy Colombia y la ciudad sería Bogotá. Hubo quienes protestaron, sobre todo los venezolanos que pedían una ciudad cercana a los dos departamentos, como podía ser Pamplona, Cúcuta o Maracaibo. Entre los quienes se opusieron estaban el talentoso Miguel Peña, (que como Soto y Azuero habrían de ocasionar incalculables daños a la estabilidad de la Gran Colombia) Santander estaba enterado de que Bolívar deseaba que la amistad que tenía con Soto y Azuero se rompiera, pues ya Bolívar se lo había insinuado por las cartas que le enviaba y por algunas conversaciones que tenían.

Duras y extrañas le parecieron a Santander ciertas palabras con las que el Libertador concluyó una larga velada habida en la casa que ocupaba el General Antonio Nariño. "Cuando te veas atormentado por las calamidades del destino no veas la culpa de estos males en nadie ni en nada en particular. No murmures, no te quejes confiando tus pesares a cualquiera; sólo mira hacia ti mismo, y busca sólo en ti la fuerza para orientar y regir tus pasos. No te dejes sugestionar por dogmas extraños ni perturbar la cabeza por cosas que no tienen asidero en nuestra patria, ni al país que estamos llamados a construir de la nada. No dejes tampoco de hablarme del modo más franco, porque las almas como nosotros deben ser firmes pero flexibles ante las calamidades más crudas y las determinaciones más terribles" Santander no comprendía por qué el Libertador no tragaba a sus amigos Azuero y Soto, siendo que él les veía tan liberales, tan listos y preparados. Seguramente, Santander no percibía que en Colombia nadie era más radical que Bolívar, el hombre que había aterrado a los reyes de Europa y a los tiranos de América. Al terminar las sesiones del Congreso de Cúcuta, muchos de los diputados regresaron a Bogotá.

Para comienzo de 1823 Santander ejercía a plenitud sus funciones de Vicepresidente de la Gran Colombia, vestía elegantemente y calzaba botas con espolín de oro, además del notorio sombrero militar con su plumaje blanco; a veces acompañaba sus palabras sacudiendo el bastón con puño de oro y esmeraldas símbolo de la Vicepresidencia. Se conocía que Santander no toleraba la indiferencia y por ello donde llegaba hacía sus desplantes para que supieran él estaba allí. Las ocupaciones de una persona con responsabilidad de Estado, en franca formación, son enormes y eso lo hacía salir de sus casillas porque a cada momento lo molestaban con cual o tal noticia o solicitud. Santander sin escrúpulos impide que Antonio Nariño, derrotado candidato a la Vicepresidencia en el Congreso de Cúcuta, enfermo de hidropesía, adquiera una curul en el Senado, ordenando a sus íntimos amigos: Soto, Azuero y Gómez que por ninguna razón había que permitir su paisano Nariño consiguiera una diputación o senaduría. El Vicepresidente Santander, como para evitar que Bolívar interceda en favor de Nariño, le escribe: "Aborrezco a Nariño de muerte y lo mismo a todo lo que le pertenece" La estrategia usada por Santander para hundir cada vez más a su coterráneo Nariño, fue la de escribir anónimos, que mandaba elaborar a los diputados Azuero y Soto. El 17 de marzo de 1823 Santander para mal poner a Nariño, le escribe al Libertador que: "Nariño anda diciendo que si a él lo han de juzgar por lo que aconteció en Pasto, usted también debe ser juzgado" El prócer colombiano general Antonio Amador José Nariño y Álvarez, mejor conocido como Antonio Nariño, desesperado, avergonzado por tanta calumnias puestas a circular por Soto y Azuero, no encuentra un lugar de paz en su país y muy apesadumbrado muere en Villa de Leyva, Colombia, el 13 de diciembre de 1823.